Geboren in Bogotà, Kolumbien. Einen Teil seiner Kindheit verbrachte er in Brüssel, sein Vater war im diplomatischen Dienst tätig. Die Ferien verbrachte die Familie in Kolumbien, auf der Kaffeeplantage des Großvaters.

Seit 1956 lebte Mutis in Mexiko-Stadt.

2001 erhielt er den wichtigsten Literaturpreis der spanischsprachigen Welt, den Premio Cervantes.